作者: 临床医学研究所 来源: 临床医学研究所 编辑: 王 倩 发布时间: 2021-11-05 点击数: 1365
动态可逆的RNA修饰在基因表达调控中扮演了至关重要的角色。N6-甲基腺苷(m6A)是真核生物mRNA上最丰富的内部修饰,已经被证明参与调控RNA的代谢、翻译、选择性剪接和稳定性等多种生物学过程。除了m6A,mRNA上还存在另一种动态可逆的化学修饰m6Am,该修饰位于转录起始位置,与帽子结构相邻。近年来,哺乳动物细胞系和组织的m6Am修饰图谱已有研究,但现有的测序技术面临着灵敏度低、特异性差、依赖甲基转移酶敲除的细胞系等问题,阻碍了m6Am功能研究的发展。因此,开发一种直接、特异、灵敏的方法检测m6Am修饰至关重要。
2021年8月6日,北京大学伊成器课题组在Nature Communications杂志发表了题为“m6Am-seq reveals the dynamic m6Am methylation in the human transcriptome”的文章,开发了mRNA上m6Am修饰检测的新技术,绘制了全转录组N6,2'-O-二甲基腺苷(m6Am)的修饰图谱。
m6Am-seq鉴定m6Am和5’UTR m6A修饰
本研究基于优化的去甲基化反应体系和RNA免疫沉淀技术,开发了m6Am的特异检测技术---m6Am-seq,获得了全转录组m6Am和5’UTR m6A的分布,绘制了单碱基分辨率的m6Am修饰图谱。相比于其他测序技术,m6Am-seq有更高的信噪比和准确度。利用m6Am-seq,检测到在细胞热激和低氧条件下,m6Am和5’UTR m6A的修饰水平均发生了动态变化,参与细胞应激调控过程的关键基因上也发生了修饰水平的变化。综上所述,该研究开发了全转录组m6Am修饰的测序技术m6Am-seq,获得了可信的m6Am和5’UTR m6A修饰位点,为这两个转录后修饰的功能研究提供了强有力的工具。
[参考文献]
Sun H, Li K, Zhang X, Liu J, Zhang M, Meng H, Yi C. m6Am-seq reveals the dynamic m6Am methylation in the human transcriptome. Nat Commun. 2021 Aug 6;12(1):4778. doi: 10.1038/s41467-021-25105-5. PMID: 34362929; PMCID: PMC8346571